Die Alkmaioniden gelten als Nachkommen der Neliden, denn Alkmaion, der Namensgeber des Geschlechtes, war Urenkel des Nestor (Paus.2,8,17). Historisch fassbar ist als erster Megakles (Archon Ol.42,1 - 612).
597 werden die Alkmaioniden wegen des Frevels, den sie bei der Bekämpfung des Kylonischen Aufstandes begangen hatten (τὸ Κυλώνειον ἄγος) aus Athen vertrieben.
Schon lange beunruhigte der 'kylonische Frevel' die Stadt. Megakles nämlich hatte als Archon die Mitverschworenen des Kylon, die in dem Tempel der Athena Schutz suchten, überredet, sich vor Gericht zu stellen. Diese banden nun einen Faden an die Bildsäule der Göttin und hielten ihm beim Herabsteigen in der Hand. Als sie aber zum Tempel der ehrwürdigen Göttinnen (Eumeniden) kamen, zerriss der Faden von selbst. Da ließen Megakles und die übrigen Archonten sie unter dem Vorwand ergreifen, die Göttin habe ihnen den Schutz versagt. Einige, die sich außerhalb des Tempels befanden, steinigten sie sogleich, andere brachten sie an an den Altären um, zu denen sie geflohen waren, nur diejenigen kamen davon, die bei den Frauen der Archonten Zuflucht gesucht hatten. (2) Letztere wurden nun deswegen 'Verfluchte' genannt und verabscheut. Aber die noch lebenden Anhänger Kylons kamen bald wieder zu Macht und lebten in beständigem Streit mit den Anhängern des Megakles.
(3) Da um diese Zeit die Verwirrung ihren Höhepunkt fand, und das Volk auseinanderfiel, trat Solon, der jetzt schon in großem Ansehen stand, mit den vornehmsten Athenern an die Öffentlichkeit und brachte die so genannten 'Verfluchten' durch Bitten und Vorstellungen dahin, die Entscheidung ihrer Sache einem Gericht von dreihundert vornehmen Bürger zu überlassen. (4) Myron von Phlya führte die Anklage, und die Verfluchten wurden zur Strafe verurteilt. Die noch am Leben waren, mussten das Land räumen, die Leichname der Verstorbenen aber grub man aus und warf sie über die Grenze. (5) Als während dieser Unruhen die Megarer aufs neue angriffen, verloren die Athener Nisaia, und mussten auch die Insel Salamis wieder räumen. (Übersetzung nach Kaltwasser)